Władze Związku wybierane są na czteroletnią kadencję. Najważniejszymi organami Związku są: 

• Krajowy Zjazd Delegatów – jest najwyższym organem Związku nie posiadającym osobowości prawnej.
• Rada Krajowa – jest najwyższym organem Związku posiadającym osobowość prawną. Rada Krajowa kieruje pracami Związku w okresie między zjazdowym.
• Prezydium Rady Krajowej – jest organem Związku kierującym pracami Rady Krajowej. Skład Prezydium Rady Krajowej tworzą:
  • Przewodniczący Rady Krajowej,
  • Wiceprzewodniczący Rady Krajowej,
  • Sekretarz Rady Krajowej,
  • Skarbnik Rady Krajowej.
• Krajowa Komisja Rewizyjna – sprawuje nadzór nad:
  • działalnością finansową Związku,
  • podejmowaniem i realizacja uchwał Rady Krajowej,

Uprawnienia i kompetencje poszczególnych organów związku określa Statut Ogólnopolskiego Związku Zawodowego Pracowników Transportu.